Marek Napiórkowski uczył się grać na gitarze w rodzimej Jeleniej Górze. Tu spędził swoje pierwsze osiemnaście lat życia i wraz z innymi muzykami - basistą i bębniarzem - zorganizował sekcję rytmiczną. Na próby dojeżdżał do Miejskiego Domu Kultury „Muflon” w Sobieszowie. Swoją przygodę kontynuował we Wrocławiu, gdzie z gitarzystą Arturem Lesickim (też jeleniogórzaninem) stworzył jazz-rockowy zespół Funky Groove, który według krytyków i słuchaczy nie miał sobie równych wśród innych elektrycznych formacji.
Dziś uznany za jednego z najbardziej znanych i wszechstronnych polskich gitarzystów - Marek Napiórkowski prezentuje się niezwykle imponująco. Nagrał ponad sto płyt w różnych składach, z różnymi wykonawcami sceny polskiej i niepolskiej, m.in. z Patem Methenym, Richardem Boną, Minu Cinelu, Gregoire Maret, Anna Marią Jopek, Urszulą Dudziak, Krzysztofem Ścierańskim, Janem Ptaszynem Wróblewskim, Tomaszem Stańko, Leszekiem Możdżerem, Henrykiem Miśkiewiczem, Anią Dąbrowską, Moniką Brodką, Edytą Geppert, Krystyną Prońko, Marylą Rodowicz, Ewą Bem, Justyną Steczkowską, Natalią Kukulską, Marcusem Millerem, Dhaferem Youssefem, Angelique Kidjo, Ivanem Linsem czy Klausem Doldingerem.
Ponadto komponuje piosenki i produkuje albumy swojej małżonki Doroty Miśkiewicz. A do dzisiaj jego dyskografia solowa składa się z trzech pozycji: „NAP” (2005), „Wolno” (2007; krążek osiągnął status Złotej Płyty) oraz znakomicie przyjęty przez krytykę i słuchaczy album „KonKubiNap” (2011) grupy Marek Napiórkowski Trio, który doczekał się swojej kolejnej koncertowej odsłony.