Poświęcenie kościoła odbyło się wiele lat po jego wzniesieniu i wyposażeniu. Do tego aktu doprowadził ostatecznie ks. Mariusz Majewski, proboszcz Parafii Matki Bożej Miłosierdzia, który objął parafię po zmarłym ks. prałacie, Józefie Stecu.
Ksiądz prałat był rzeczywistym budowniczym nie tylko kościoła, ale i całej parafii. Marzył o jego poświęceniu właśnie w dniu Święta Matki, której bardzo gorliwie oddawał szczególną cześć przez 45 lat posługi kapłańskiej. Niestety, śmierć 3 grudnia 2019 roku, nie pozwoliła mu dopełnić ponad 30 – letniej walki i pracy, które poświęcił budowie tego kościoła.
Wszystko zaczęło się w czerwcu 1985 roku, kiedy to ks. biskup Tadeusz Rybak zdecydował o utworzeniu nowej parafii w Jeleniej Górze – Cieplicach, którą wydzielono z Parafii Macierzystej jaką była Parafia św. Jana Chrzciciela w Cieplicach, prowadzona przez pijarów.
Nową parafię wraz ze świątynią miał zbudować młody, 37 – letni wówczas, ks. Józef Stec. Zachęcali go do tego dzieła ks. Henryk Gulbinowicz i ksiądz dziekan Franciszek Kosman. Ksiądz Józef Stec przeprowadził się z Wrocławia do Jeleniej Góry, gdzie zamieszkał u sióstr magdalenek, których został kapelanem. Poznawał nowy dla niego teren i często wyjeżdżał do Kurii Wrocławskiej na rozmowy i konsultacje na temat budowy domu parafialnego, plebanii i kościoła. Pierwsze spotkanie z parafianami zorganizował w sierpniu 1985 roku na terenie działki budowlanej, podczas którego wskazał miejsce, gdzie będzie stał przyszły kościół.
Ksiądz Stec odbywał wiele spotkań z proboszczami, którzy wcześniej budowali domy parafialne i kościoły, konsultując się w sprawie budowy. Przy odpowiedniej pogodzie odprawiał Msze Święte na wolnym powietrzu, na działce budowlanej. W grudniu 1985 roku na ten teren przywieziono 40 podkładów kolejowym, z których w późniejszym czasie zbudowano ogrodzenie. Prace budowlane na działce rozpoczęły się w czerwcu 1986 roku. Budowano ogrodzenie i układano rury melioracyjne. Już wtedy pojawili się pierwsi parafianie gotowi pomóc społecznie w tych pracach.
Były to bardzo ciężkie czasy, bowiem sytuacja gospodarcza Polski była coraz gorsza. Ksiądz Józef Stec wydrukował cegiełki, które miały pomóc w finansowaniu prac. Oprócz braku środków finansowych ogromnym problemem były braki materiałowe i maszynowe. Mimo tych niedogodności, w czerwcu 1986 roku udało się rozpocząć budowę kaplicy. Od początku we wszystkim pomagali: architekt miejski Tadeusz Rydwan, a także inżynierowie: Wojciech Kurowski, Stanisław Siemieński i Stefan Augustyn. Powołano też zespół konsultantów w składzie: inż. Zdzisław Grabka, inż. Paweł Rusek, inż. Eugeniusz Maliszewski, architekt Maciej Abram i technik budowlany Eugeniusz Górski.
Budowę cały czas wspierali parafianie, dla których celebrowane były Msze Święte na terenie budowy, z udziałem ks. kardynała H. Gulbinowicza. Po jednej z takich Mszy, 9 sierpnia 1986 roku, zmieniona została nazwa kościoła i parafii z „Miłosierdzia Bożego” na „Matki Bożej Miłosierdzia”. Ta zmiana nazwy została zatwierdzona ostatecznie 12 września 1986 roku. Przy zbudowanej już kaplicy, w dniu 25 grudnia 1986 roku, pod gołym niebem, odbyła się pierwsza pasterka. Było tak zimno, że zamarzła woda w ampułkach.
W maju 1987 roku, poświęcono i wmurowano kamień węgielny pod Dom Parafialny, a inż. Włodzimierz Wilczewski przedstawił pierwszy projekt przyszłego kościoła.
Tymczasem sytuacja gospodarcza w Polsce pogorszyła się i nie był to dobry czas na budowę kościoła. Nie zniechęciło to ks. Józefa Steca, który dzięki pomocy wielu osób kontynuował rozpoczęte dzieło. Parafianie wspomagali go jak tylko mogli, i pracą, i darami. Przekazano, m.in. dla powstającej świątyni naczynia liturgiczne, wywiezione po wojnie ze Lwowa. W listopadzie 1987 roku poświęcono funkcjonującą już kaplicę, a Kuria Wrocławska zatwierdziła zatwierdzony do realizacji poprawiony projekt kościoła. Koszt budowy określono na kwotę 750 000 000 ówczesnych złotych.
Budowa kościoła rozpoczęła się 28 lipca 1988 roku (pierwszy wykop budowlany). W budowie pomogły Zakłady Maszyn Papierniczych „Fampa” i inne zakłady. Na rzecz budowy wpłynęły środki nie tylko od parafian, ale także i z zagranicy. Szczodrość parafian była imponująca. Pani Teresa Chorąży przekazała na budowę oszczędności całego życia, Pani Jadwiga Pentol przekazała odszkodowanie za pobyt w obozie, w Oświęcimiu, a Pani Janina Liperczan zapisała w testamencie swój dom. Zagraniczne środki pochodziły z USA, Finlandii, Francji i Niemiec. Wszystko to pozwoliło prowadzić nadal budowę. W lipcu 1989 roku wykonano betonowe fundamenty kościoła, a we wrześniu rozpoczęto wznoszenie jego murów.
W dniu 18 czerwca 1990 roku, ksiądz Józef Stec odebrał od Kurii Wrocławskiej Dekret Erekcyjny dla Parafii, a w lipcu 1990 roku, ksiądz dziekan Franciszek Krosman dokonał Inauguracji Parafii Matki Bożej Miłosierdzia i wprowadził księdza Józefa Steca na urząd proboszcza. Nadal trwała budowa kościoła. W październiku 1991 roku, rozpoczęto zbrojenie stropu świątyni i zakończono budowę domu parafialnego. W maju 1992 roku, betonowano stropy balkonów, a 31 maja tego roku, w Święto Matki odbyła się w kościele pierwsza Msza Święta. Kościół nadal budowano i wyposażano, a dopiero po 30 latach – poświęcono. Niestety tego nie doczekał już budowniczy tej świątyni – ksiądz Józef Stec, ale Jego dzieło będzie trwało i chwaliło Jego imię.
