Zdecydowano wówczas, że w tak małej miejscowości jak Cieplice Śląskie Zdrój, bez odpowiedniej opieki specjalistycznej (brak muzealników) oraz magazynowej (złe warunki przechowywania), a także z braku pracowni konserwatorskiej, cenne muzealia nie będą miały dobrych warunków i należy je zabezpieczyć w instytucjach większych, dobrze wyposażonych na terenie Polski. Widząc, co się dzieje ostatni niemiecki opiekun zbiorów Schaffgotschów Kurt Martini opuścił powierzone mu przez Friedricha Schaffgotscha kolekcje i w 1951 roku wyjechał do Niemiec Zachodnich.
Od tego też roku rozpoczął się podział zbiorów wśród nowych beneficjentów i ich wywóz z Cieplic. Spędzało to sen z powiek ówczesnej kierowniczki Muzeum Marii Langdo, która zaczęła przez to niedomagać na zdrowiu i często była nieobecna w pracy. Jej i wszystkich pracowników placówki determinacja w ratowaniu całości zbiorów nie na wiele się zdała. Podlegając już pod Muzeum Śląskie we Wrocławiu (dzisiaj Muzeum Narodowe we Wrocławiu) kierowniczka starała się dotrzeć bezpośrednio do Ministerstwa w Warszawie, aby przekonać urzędników, by zatrzymali wywóz zbiorów z Cieplic. Ale, aby wyjechać do Warszawy musiała mieć zgodę wrocławskiego muzeum, a jego stanowisko w tej sprawie było nieprzejednane: „Dyrekcja Muzeum Śląskiego we Wrocławiu komunikuje, że w obecnej chwili Ministerstwo zleciło definitywnie przeprowadzenie podziału zbiorów cieplickich Muzeum Śląskiemu”.
Maria Langdo pozbawiona pomocy i jakichkolwiek złudzeń mogła tylko przyglądać się jak cieplickie zbiory są rozdzielane i wywożone. Z różnych stron Polski przyjeżdżali muzealnicy, którzy wybierali co im było przydatne, pakowali i wywozili do siebie. Większość z nich robiła to z zimną krwią nie przejmując się protestami pracowników cieplickiego muzeum. Jednak wśród tych przyjeżdzających do Cieplic „muzealników” znaleźli się prawdziwi Muzealnicy, którzy mieli wątpliwości co do tej akcji i szczerze współczuli tym ograbianym. Świadczy o tym pismo jednego z nich skierowane do Marii Langdo: „Przykro mi, że tym naruszyłem zlecenie Szanownej Pani (prawdopodobnie aby nie wydawać muzealiów-przyp. aut.), ale rozkaz mego bezpośredniego zwierzchnika był wyraźny i sprzeciwić się mu nie mogłem. Nawet dość stanowcze sprzeciwy p. Szczuki (pracownik Muzeum w Cieplicach- przyp. aut.) nic poradzić nie mogły”.
Proces wywozu zbiorów z Cieplic rozpoczął się na dobre. Większość obiektów muzealnych zabrano w rezultacie do kilkunastu muzeów w Polsce, ale część z nich trafiło do innych instytucji lub w ręce prywatne.
W 1951 roku dwa pistolety najpierw wypożyczył Państwowy Teatr Dramatyczny w Jeleniej Górze, aby w 1952 roku przejąć je na własność (jako rekwizyty). Trzy kartonowe modele zamków (np. Chojnik), które w 1951 roku chciało przejąć tworzące się we Wrocławiu Muzeum Wojska Polskiego, trafiły w rezultacie do jednej ze szkół podstawowych Kotliny Jeleniogórskiej (posłużyły do zabawy). Mundury, hełmy, pasy, dystynkcje, pagony itp. wyjechały w znacznej liczbie do Teatru im. Jaracza do Olsztyna, gdzie później służyły jako rekwizyty podczas przedstawień.
W połowie lat 50. XX wieku doszło do kradzieży z ekspozycji istniejącego w Muzeum Przyrodniczym w Cieplicach Zdroju (powstało w 1954 roku z muzealiów przyrodniczych pozostałych w Cieplicach). Skradziono wówczas żołnę i dwa zimorodki (może do dzisiaj są w jakimś prywatnym mieszkaniu).
Pod koniec lat 50. XX wieku, za zgodą Muzeum Śląskiego we Wrocławiu, muzeum cieplickie przekazało do Młodzieżowego Domu Kultury im. Hanki Sawickiej przy ul. Marii Skłodowskiej Curie jakieś bliżej nieokreślone, „wybrakowane” okazy ptaków (zostały prawdopodobnie zniszczone z czasem przez młodzież).
W 1958 roku, w dzień bezpłatny dla zwiedzających, jakiś uczeń jeleniogórskiej szkoły, podczas wycieczki do Muzeum przywłaszczył sobie bardzo rzadki okaz Szpaka balijskiego - albinosa (okaz został najprawdopodobniej zniszczony).
Dwa lata później, na prośbę władz powiatowych do Liceum Ogólnokształcącego w Karpaczu przekazano okazy modeli ptaków, które miały służyć celom dydaktycznym (też zostały z czasem zniszczone).
Od początku lat 60. XX wieku Muzeum Przyrodniczym w Cielicach Śląskich Zdroju kierowali już przyrodnicy, którzy nieco zablokowali dalszy odpływ muzealiów przyrodniczych do innych placówek. Natomiast nie przywiązywali oni większej wagi do resztek zbiorów historycznych, które były jeszcze w posiadaniu muzeum, dlatego w 1964 roku skreślili z inwentarza: dwa obrazy, lupy stojące, kolumnę kamienną, stary mikroskop, obraz oszklony, stojak na broń, części wagi, makietę drewnianą, stary globus, makietę kościoła. Trudno powiedzieć dzisiaj co to były za obiekty i jaka była ich wartość historyczna, ale zdaje się, że byłby dzisiaj ozdobą każdego muzeum. Rok później do Muzeum Śląskiego we Wrocławiu oddano ostatnie 37 egzemplarzy broni myśliwskiej.
W 1967 roku podczas przenoszenia zbiorów z Długiego Domu do Pawilonu Norweskiego w prace te zaangażowana była młodzież szkół cieplickich. Trasa wiodła przez Park Zdrojowy. Nie wszystkie preparaty zwierząt dotarły wówczas na miejsce. Część okazów została ukryta w zaroślach, a „po lekcjach” przeniesiona została przez uczniów do ich domów gdzie służyły do ozdoby i zabawy.
Już po otwarciu Muzeum w Pawilonie Norweskim do Zakładu Morfologii i Systematyki Roślin Uniwersytetu Wrocławskiego trafiło 1666 zielników.
Odpływ muzealiów z cieplickiego muzeum zakończył się dopiero z chwilą włączenia Cieplic Śląskich Zdroju do Jeleniej Góry (od 1976 roku) i utworzeniu województwa jeleniogórskiego. Od tego momentu o losach zbiorów tej placówki nie decydowała Warszawa, ale władze lokalne .
W latach 90. XX wieku, zbiorów zaczęło znowu przybywać (kolekcje geologiczne, entomologiczne, preparaty- modele ptaków i ssaków, suszki grzybów, zielniki). Od początku XXI wieku zbiory muzeum zaczęły wzbogacać się o obiekty historyczne związane z Cieplicami i Uzdrowiskiem. Rozpoczęto też kwerendy i poszukiwania mające na celu ustalenie, gdzie dzisiaj znajdują się wszystkie muzealia, archiwalia i księgozbiory, które zabrano z ogromnej kolekcji Schaffgotschów.
Stopniowo cieplickie muzeum podnosi się z upadku jaki zafundowano mu w latach 1952-1992. Wydaje się i miejmy nadzieję, że jest to proces nieodwracalny.
