- Augustianie byli w Cieplicach jedynie kilkanaście lat. Wznieśli świątynię przy źródle, tam gdzie obecnie stoi kościół św. Jana Chrzciciela oraz zabudowania wokół ciepłych wód. Oczyszczająca woda w chrześcijaństwie kojarzy się głównie z chrztem Jezusa udzielonego przez Jana Chrzciciela w Jordanie. Źródło cieplickie oczyszczało nie tylko ciało, ale również duszę. Możliwe dlatego, że kaplica była już wtedy pod wezwaniem Św. Jana Chrzciciela. W dniu wspomnienia świętego 24 czerwca do Uzdrowiska przyjeżdżało najwięcej kuracjuszy.
Po augustianach sprowadzeni zostali do Cieplic joannici przez lwóweckiego księcia Bernarda ok. 1281 r. Był to zakon rycerski, ale również szpitalny, czyli zajmujący się chorymi. Nazwa zakonu pochodzi od św. Jana Chrzciciela. Joannici rozbudowali kościół z użyciem kamienia prawdopodobnie w stylu romańskim lub gotyckim. Pierwsza wzmianka o tej świątyni pochodzi dopiero z 1318 r., kiedy już nie było joannitów w Cieplicach – mówił Stanisław Firszt, dyrektor Muzeum Przyrodniczego w Jeleniej Górze-Cieplicach.
W 1403 r. Gotsche II Schoff sprowadził do Cieplic Cystersów. Mnisi rozbudowali klasztor i kościół. Na ikonografiach XVII-wiecznych widać, że był pokryty dwuspadowym dachem, miał wydzieloną przy ołtarzu absydę i był orientowany. Cieplice należały wtedy do Schaffgotschów, którzy byli głównymi protektorami cystersów. W 1515 r. zbudowali pierwszą rodową kaplicę grobową w kościele św. Jana Chrzciciela. Niestety w 1526 r. Schaffgotschowie przeszli na protestantyzm i tym spodobem cystersi stracili protektorów. W 1528 r. rektor (cysters) z Cieplic również przeszedł na protestantyzm, ożenił się i wyjechał do Jeleniej Góry.
- Schaffgotschowie sprowadzili do Cieplic kaznodziejów ewangelickich, którzy na zmianę z cystersami prowadzili msze w kościele. Z czasem ewangelicy zaczęli przeważać na Śląsku. Od 1546 r. przejęli już wszystkie zabudowania klasztorne łącznie z kościołem. Rok później spalił się cały zespół klasztorny. Wiadomo, że świątynia paliła się jeszcze dwa razy w 1582r. i 1586r. Po pożarach kościół odbudowywany był przez ewangelików. Wtedy też wyposażono go w organy i dodano małą sygnaturkę na dachu. W 1515 r. w świątyni znajdowała się kaplica katolicka Schaffgotschów. Pierwszy pochówek ewangelicki, członka tej rodziny, w kościele odbył się w 1601 r. Być może zbudowano wtedy nową kaplicę ewangelickich Schaffgotschów. W czasie kontrreformacji katolicy zwali ją Diabelską Kaplicą – powiedział dyrektor.
Po 1635 r., za zdradę, ścięto Hansa Urlyka Schaffgotscha w Ratyzbonie, głównego protektora ewangelików. Jego dzieci zostały rekatolizowane i cystersi w Cieplicach znów odzyskali wsparcie Schaffgotschów. Opat z Krzeszowa Andreas Michaelis odzyskał kościół w Cieplicach w 1654 r. W 1661 r. Schaffgotsche zbudowali w nim nowy grobowiec rodzinny. W 1671 r. miał miejsce wielki pożar kościoła. Opat Bernard Rosa usunął z kościoła wszystko, co było ewangelickie m.in. epitafia oraz trumny ewangelików z tzw. Diabelskiej Kaplicy.
- Do tej pory kościół nie stykał się bezpośrednio z nowym z klasztorem. Między świątynią, a klasztorem zbudowano dlatego oratorium (kaplicę), które stało się łącznikiem między tymi obiektami. Widoczne jest na XVII-wiecznych rycinach. Największy pożar całego zespołu klasztornego miał miejsce w 1711 r. Opat Dominik Geyer całkowicie przebudował świątynię. Zaprojektował ją Caspar Jentsch z Jeleniej Góry. Koniec rozbudowy nastąpił w 1714 r. Kościół stykał się teraz ścianą z klasztorem. Wybudowano później piękny ołtarz, który można podziwiać do dziś. Na głównym obrazie przedstawiono Maryję Matkę Jezusa Królową Wszystkich Świętych, namalowaną przez samego Michała Willmanna. Cystersi bowiem szczególnie czcili Matkę Boską. Przez cały XVIII w. nadal upiększano wnętrze kościoła – zaznaczył Stanisław Firszt.
W 1740 r. Śląsk zajęli Prusacy. Król pruski chcąc uniknąć konfliktów traktował równo katolików i ewangelików. W tym też roku ewangelicy zbudowali swój kościół, który znajduje się obecnie przy II Liceum Ogólnokształcącym. Kościołem Jana Chrzciciela zajmowali się nadal cystersi. W 1764 r. i 1765 r. zbudowano w nim organy, które wykonał Godfried Herbst z Piechowic. W latach 1785 – 1787 w niszach ściany szczytowej od strony Placu Zdrojowego ustawiono rzeźby św. Gotarda, bo od XVIII w. wszyscy Schaffgotchowie nosili to imię i św. Placyta, bo kolejny opat miał tak na imię. Figury te miały przyciągać uwagę kuracjuszy. W innych niszach były prawdopodobnie obrazy Maryi lub św. Jana Chrzciciela. W 1795 r. Jan Nepomuk Gotard Schaffgotsch sprowadził do Cieplic ciało Filipa Gotarda Schaffgotscha, biskupa wrocławskiego, księcia Nysy i Grodkowa, który zmarł na wygnaniu i złożył je w krypcie kościoła Św. Jana Chrzciciela. Jest jedynym księciem pochowanym w Cieplicach i jedynym biskupem wrocławskim pochowanym nie we Wrocławiu, czy Nysie.
- W 1798 r. przeprowadzono gruntowny remont kościoła pod kierunkiem architekta Fligela. Wymieniono wtedy drewniany gont z dachu na ceramiczną dachówkę. W 1810 r. nastąpiła największa tragedia dla klasztoru. Bowiem po przegranej wojnie z Napoleonem król pruski Fryderyk Wilhelm III, w 1810 r., dokonał sekularyzacji i kasacji zakonów. Mnisi stracili cały dobytek i opuścili Cieplice. W 1812 r. zespół poklasztorny wraz z kościołem kupił hrabia Leopold Gotard Schaffgotsch. Kościół i część klasztoru oddał parafii katolickiej, a część zostawił dla siebie. W 1820 r. hrabia zlecił Carlowi Hermannowi namalowanie dodatkowych obrazów, które wiszą do tej pory w kościele nad balkonami. Przedstawiają one m.in. św. Jadwigę i św. Jana Chrzciciela – opowiadał dyrektor.
W grobowcu kościoła św. Jana Chrzciciela pochowano ponad 40 Schaffgotschów. Ostatni pochówek odbył się w 1939 r. Pochowano wtedy Fritza Schaffgotscha, który zginął podczas działań zbrojnych w Polsce. W 1945 r. władze polskie przejęły zespół poklasztorny i kościół. Świątynia została przekazana pijarom, którzy opiekują się nią do dziś. Prowadzone były remonty np. elewacji. Natomiast piękne, zabytkowe wnętrze kościoła od dawna nie było remontowane, bo nie ma na to pieniędzy.
