Zniszczeniu uległo całe wyposażenie świątyni, m.in. ołtarze i epitafia Schaffgotschów, w tym Gotsche II Schoffa. Niemal natychmiast przystąpiono do odgruzowywania pogorzeliska. Co zakrawało na cud, wśród szczątków dawnego wyposażenia odnaleziono nietknięte relikwie św. Placyda (żył w VI w., towarzyszył św. Benedyktowi w drodze na Monte Casino, które podarował świętemu Tertullus, ojciec Placyda). Relikwie te, do dzisiaj znajdują się w ołtarzu głównym obecnego kościoła św. Jana Chrzciciela w Cieplicach.
Postanowiono wspólnie, tj. hrabia Johann Anton Schaffgotsch, mający patronat nad świątynią oraz opat Dominicus Geyer, że w obliczu zniszczeń, kościół trzeba zbudować na nowo – większy i ładniejszy. Zaprojektował go nieznany architekt z Legnicy. Kamień węgielny wmurowano 14 kwietnia 1712 roku.
Prace budowlane, pod kierunkiem jeleniogórskiego architekta Kaspara Jentscha, (jego syn Michał wstąpił do klasztoru w Krzeszowie), trwały w latach 1712 – 1714. Prace te nadzorował ojciec Anzelm Kottwitz. W dniu 4 września 1714 roku, miało miejsce poświęcenie kościoła. W latach następnych trwało jego wyposażenie i upiększanie. W 1716 roku zbudowano ołtarz główny, do którego obraz Michaela Willmanna, namalowany w latach 1686 – 1688, przedstawiający Maryję, Matkę Jezusa, jako Królową Niebios w otoczeniu świętych cysterskich, przekazał z Krzeszowa, opat D. Geyer. W tym czasie przeorem w Cieplicach był Gottfried Frietsch, późniejszy opat krzeszowski.
Konsekracji kościoła św. Jana Chrzciciela dokonano 14 września 1716 roku. W 1717 roku, hrabia Johann Anton Schaffgotsch przekazał kościołowi dwa nowe ołtarze boczne. Prawdopodobnie ich wykonanie zlecił ok. 1715/1716 roku. Niestety nie wiadomo, kto wykonał samą ich konstrukcję i wystrój stolarski oraz liczne rzeźby i płaskorzeźby. Wiadomo, że obrazy do tych ołtarzy wykonał Jeremiasz Knechtel z Legnicy. Od tego czasu mija właśnie 300 lat.
Pierwszy ołtarz św. Anny Samotrzeciej (matka Maryi z Nazaretu; babka Jezusa Chrystusa; przedstawiana najczęściej z Maryją i Dzieciątkiem Jezus; patronka małżeństw i matek wspomnienie; 26 lipca), ustawiono po prawej stronie ołtarza głównego, w drugiej niszy ołtarzowej. W centralnej części drewnianego, bogato zdobionego ołtarza znajduje się obraz przedstawiający św. Annę z Maryją i Dzieciątkiem Jezus, namalowany przez Jeremiasza Knechtela z Legnicy. Nad nim umieszczone są, połączone ze sobą herby. Po lewej Johanna Antona Schaffgotscha, a po prawej, jego drugiej żony, hrabianki Anny Teresy Kolowrat – Krakowsky – Novohradsky. Powyżej jest obraz przedstawiający św. Franciszka z Paoli, jako pielgrzyma (założyciel zakonu braci najmniejszych – jednej z gałęzi franciszkanów; patrona cudownych uzdrowień w dzieciństwie, a nawet wskrzeszenia; wspomnienie 2 kwietnia). Przy tym obrazie, u góry ołtarza po lewej stronie, znajduje się figura przedstawiająca Aarona (starszy brat Mojżesza, pierwszy arcykapłan, Bóg obdarzył go licznym potomstwem), a obok niego figura św. Antoniego z Padwy (patron franciszkanów, a także małżeństw, położnic i dzieci; wspomnienie 13 czerwca) oraz adorującego biskupa. Po drugiej stronie znajdują się figury św. Jana Nepomucena (patron jezuitów, spowiedników, tonących oraz orędownik podczas powodzi a także mostów; wspomnienie 21 maja) oraz świętego w habicie franciszkańskim i adorującą św. Franciszkę Rzymiankę.
Poniżej, przy obrazie św. Anny, po lewej stronie umieszczono figury niezidentyfikowanego świętego oraz Anioła. Po drugiej stronie natomiast, figury św. Scholastyki, siostry bliźniaczki św. Benedykta, (patronki benedyktynek, ochrony przed burzami i huraganami; wspomnienie 10 lutego) oraz św. Barbary (patronki dobrej śmierci i marynarzy; wspomnienie 4 grudnia). Na antependium (blat ołtarza, zakrywa mensę ołtarza) jest misternie wykonana płaskorzeźba przedstawiająca ucieczkę Świętej Rodziny do Egiptu.
Tak zakomponowany ołtarz posiada z całą pewnością rozbudowaną symbolikę nawiązującą do wydarzeń, które chciał upamiętnić fundator, oraz był swego rodzaju wotum za otrzymane łaski.
Cały ołtarz poświęcony jest, jak się zdaje rodzinie hrabiego, w której matka i żona odgrywała główną rolę. Nie bez przyczyny więc główny obraz poświęcony został św. Annie, imienniczce hrabiny, a jednocześnie patronce małżeństw i matek. Na antependium także pojawia się motyw rodziny (Ucieczka Świętej Rodziny do Egiptu). W momencie poświęcenia ołtarza, Anna Teresa Schaffgotsch miała 27 lat, a jej mąż Johann Anton, 32. Po siedmiu latach pożycia małżeńskiego doczekali się czworga dzieci (w ołtarzu widzimy figurę św. Franciszki, Rzymianki, która urodziła czworo dzieci). Licznym potomstwem Bóg obdarzył Aarona, którego postać również odnajdujemy w ołtarzu (w sumie hrabiostwo doczekali się aż dziewięciorga dzieci, z czego pięcioro urodziło się już po zbudowaniu ołtarza). Postać Aarona jest w ołtarzu bardzo ważna, bowiem to on był przodkiem św. Jana Chrzciciela, patrona cieplickiego kościoła. Nad herbami hrabiostwa znajduje się obraz przedstawiający św. Franciszka z Paoli, a przecież najstarszy ich syn urodzony w 1711 roku, prawie na pół roku przed wielkim pożarem otrzymał na chrzcie imię Franciszek a Paolo. Obok tego obrazu umieszczona jest figura franciszkanina (może samego św. Franciszka ?), obok niej widzimy figurę św. Jana Nepomucena, bo przecież drugi syn hrabiostwa, urodzony w 1713 roku, otrzymał imię Jan Nepomuk.
W ołtarzu znajdują się też figury św. Antoniego z Padwy, patrona małżeństw, położnic i dzieci; prawdopodobnie Archanioła Gabriela, który zwiastował św. Annie i Matce Bożej, a także św. Scholastyki, siostry bliźniaczki św. Benedykta (mógł to być symbol rodzeństwa bo przecież Franciszek a Paolo i Jan Nepomuk mieli jeszcze w tym czasie dwóch braci, Leopolda Gotarda (ur. 1714 r.) i Filipa Gotarda, późniejszego biskupa wrocławskiego (ur. 1715 r.).
W ołtarzu znajdują się też figury nierozpoznanego świętego (brak mu atrybutów) i druga, św. Barbary, które zapewne znalazły się tam nie bez powodu. Drugi ołtarz ufundowany przez Johanna Antona Schaffgotscha, znajduje się w drugiej niszy ołtarzowej, po lewej stronie od ołtarza głównego i poświęcony jest Matce Boskiej Wspomożycielce. Niestety nie zachował się główny obraz ołtarzowy, który najprawdopodobniej przedstawiał Matkę Boską (obraz mógł namalować wspomniany wcześniej Jeremiasz Knechtel z Legnicy). Dzisiaj, we wtórnej niszy po obrazie ustawiono (w XIX wieku) figurę Matki Boskiej z Dzieciątkiem Jezus.
Nad nim jest herb Johanna Antona Schaffgotscha. Powyżej umieszczono obraz przedstawiający świętego w stroju biskupa z podwójnym mieczem i palmą, namalowany przez Jeremiasza Knechtela. Nie ma zgodności kogo przedstawia (św. Fryderyka, św. Walentego czy św. Pawła) Najbardziej prawdopodobnym jest to, że jest to przedstawienie św. Fryderyka, założyciela klasztoru zwanego "Ogrodem Błogosławionej Maryi Panny" Zakonu Premonstrateńskiego. Po lewej stronie obrazu umieszczono figury św. Jana Chrzciciela (patrona mnichów, związanego z wodą, patrona mostów i tonących; wspomnienie 24 czerwca) oraz św. Jana Nepomucena (związanego również z wodą). Po drugiej stronie ołtarza ustawiono figurę św. Floriana (patrona strażaków, chroniącego przed pożarem; wspomnienie 4 maja) oraz figurę św. Barbary (patronki dobrej śmierci).
Poniżej, po obu stronach figury Matki Boskiej z Dzieciątkiem Jezus, ustawione są: z lewej strony figura Anioła oraz postać alegoryczna przedstawiająca władzę świecką, a z prawej strony figura Anioła i postać alegoryczna przedstawiająca władzę duchowną. Antependium tego ołtarza jest także bogato zdobione płaskorzeźbą, przedstawiającą scenę zwiastowania Najświętszej Maryi Panny.
Ten ołtarz nawiązuje swoją symboliką do wcześniejszych wydarzeń, tj. powodzi (obecność św. Jana Chrzciciela i św. Jana Nepomucena) oraz pożaru (postać św. Floriana). Prawdopodobnie był swego rodzaju wotum hrabiego dla Matki Bożej za szczęśliwe ocalenie życia, kiedy podczas jednej z częstych powodzi rzeka Kamienna mocno wezbrała, a gwałtowny nurt zerwał most, przez który przejeżdżała kareta Johanna Antona Schaffgotscha. Hrabia cudem uniknął wówczas śmierci. Ołtarz miał być miejscem gdzie modlono się o ochronę przed powodziami i pożarem.
- Oba ołtarze ufundowane przez Johanna Antona Schaffgotscha, oprócz nawiązania do szczęśliwego pożycia małżeńskiego i tragicznych wydarzeń 1711 roku, odwołują się głównie do Matki Boskiej, którą szczególnym kultem darzyli cystersi, prowadzący uzdrowisko i probostwo w Cieplicach, których wspomagał hojnie hrabia, wnuk Barbary Agnieszki, księżnej ze śląskiej linii rodu Piastów – podsumowuje Stanisław Firszt.
