W ten sposób Krzysztof stał się dziedzicem całego rodzinnego majątku. Zanim to się stało zdobywał wiedzę studiując na uniwersytetach. Później przez parę lat przebywał na dworze elektora saskiego Augustyna Wettyna, u którego był podskarbim.
Krzysztof, tak jak wszyscy członkowie rodu Schaffgotschów, był ewangelikiem. Pierwszym, który przyjął to wyznanie był Ulryk I zwany „rycerzem bez skazy” w 1526 roku. Nie przeszkadzało to cesarzowi powołać go drugi raz na stanowisko starosty księstwa świdnicko-jaworskiego (1539-1542). Ulryk I z żoną Anną Zwolską, miał dwóch synów Wolfganga (Wolfa) i Hansa II. Hans II przeżył brata, był kanclerzem księstwa świdnicko-jaworskiego. Ożenił się z Magdaleną Zedlitz, której ojciec miał zamek w Podgórzynie. Obiekt ten później przejął Krzysztof Schaffgotsch. Obiekt ten po pożarze zamku Chojnik w 1675 roku, pełnił ważną rolę bowiem tam umieszczono uratowane z pożogi dokumenty, wyposażenie i zbiory. W 1571 roku Hans II przyjął od opata w Krzeszowie cieplicką prepozyturę w zastaw za pożyczkę w wysokości 10.000 talarów.
Tymczasem Krzysztof Schaffgotsch z Czernicy brał udział w wielu kampaniach wojennych na terenie Europy, w tym na terenie Rzeczpospolitej. Odbył też podróż do Francji i Włoch. Po powrocie zajął się majątkiem. Po śmierci Hansa Ulryka, syna Hansa II, Krzysztof stał się głównym panem majątku Schaffgotschów. W 1583 roku przedłużył zastaw prepozytury cieplickiej przez drugą pożyczkę cystersom. Był gorliwym ewangelikiem i donatorem parafii ewangelickiej w Cieplicach. W jego czasach zbudowano ratusz w Mirsku, a w 1600 roku baron ze swoich dóbr utworzył fideikomis. Przez wiele lat był bardzo aktywnym człowiekiem. Był panem na zamkach Chojnik, Gryf i Kamienica, kanclerzem księstwa świdnicko-jaworskiego, a także baronem cesarstwa na Żmigrodzie.
Był dwa razy żonaty. Pierwszą jego żoną była Magdalena Schaffgotsch, która zmarła w 1587 roku, a drugą Eleonora baronowa von Promnitz, z którą miał sześcioro dzieci, w tym Hansa Ulryka, generała ściętego w 1635 roku.
Krzysztof Schaffgotsch, jeden z najbogatszych wówczas ludzi na Śląsku, pod koniec życia ciężko chorował. Miał nagłe wybuchy złości, po których potulniał i modlił się. Między tymi atakami, które bardzo ciężko znosiła cała rodzina, wpadał w melancholię i apatię. Dokuczały mu straszne bóle głowy. Nad jego dolegliwością pochylały się autorytety medyczne we Wrocławiu, ale nic to nie pomagało.
Kiedy przebywał w domu, na swoich zamkach, zajmował się nim sławny przyrodnik i medyk Caspar Schwenckfeldt. On to zalecił baronowi kąpiele w Cieplicach. Mieszkający w Podgórzynie Krzysztof Schaffgotsch był też pod opieką duchową pastora Silbera, który zalecał choremu liczne modlitwy. Taki był wówczas zwyczaj. Nawet Schwenckfeldt oprócz leków i kąpieli również zalecał modlitwy, które nie szkodzą, ale mogą pomóc.
Dolegliwości barona spotęgowały się w ostatnich dwóch latach jego życia. Tuż po Wielkanocy 1601 roku Krzysztof Schaffgotsch posłuchał zaleceń lekarzy i zdecydował się na kąpiele w Cieplicach. Był tak słaby, że nawet nie mógł skorzystać z tamtejszego basenu, dlatego do jego pokoju, w którym mieszkał wniesiono balię i napełniano ją wodą. Po tych kąpielach stan zdrowia barona się poprawił, na tyle, że mógł spożywać posiłki przy stole w towarzystwie bliskich. Przed Zielonymi Świątkami w 1601 roku znowu ogarnęła go melancholia. Przestał się odzywać i często drzemał. W pierwszych dniach czerwca 1601 roku zaczął mieć problemy z oddychaniem. Wszystko to nasiliło się 9 czerwca. W związku z bardzo złym stanem zdrowia barona, wokół jego łoża zebrali się najbliżsi, przyjaciele i współpracownicy. Wśród nich byli: małżonka Eleonora, siostra Anna, kuzyn Adam z żoną Katarzyną, Caspar Schwenckfeldt, Caspar Schaffgotsch z Płakowic i Esaias Schllenbach pastor z Cieplic. Krzysztof Schaffgotsch zmarł tego samego dnia o godz. 22.00. Został pochowany w grobowcu rodzinnym Schaffgotschów, w kościele św. Jadwigi w Gryfowie Śląskim. Kryptę zbudował Hans II Schaffgotsch. Tam też spoczęli później jego żona Eleonora oraz synowa Barbara Agnieszka, księżniczka piastowska.
